一、作用不同
 
1、水利工程：用于控制和調配自然界的地表水和地下水，達到除害興利目的而修建的工程。也稱為水工程。
2、水利水電建筑工程：培養掌握水利水電工程項目建設、現場施工的基本知識和技術，具備中小型水利水電工程勘測設計、施工組織與管理、工程運行管理、水工建筑物檢測、從事中小型水利水電工程設計、水利水電工程施工與管理工作、檢修及維護等能力的高素質技能型人才的課程。
 
二、特點不同
1、水利工程：有很強的系統性和綜合性；對環境有很大影響；工作條件復雜；水利工程的效益具有隨機性，根據每年水文狀況不同而效益不同，農田水利工程還與氣象條件的變化有密切聯系；水利工程一般規模大，技術復雜，工期較長，投資多，興建時必須按照基本建設程序和有關標準進行。
2、水利水電建筑工程：具備水利工程讀圖、繪圖、施工技術、設計變更、監理、預算等能力，能夠從事水利水電建筑工程的施工、管理、小型工程設計等工作任務的施工員、監理員、預算員、質檢員、材料員、安全員等高素質技能型人才。
 
三、性質不同
1、水利工程：為水利專業術語。
2、水利水電建筑工程：為一個專業，培養掌握水利水電工程項目建設、現場施工的基本知識和技術。